Here is a list of all documented variables with links to the class documentation for each member:

- a -

• alignmentEnd : isaSpace::ReadExonCoverage
• alignmentStart : isaSpace::ReadExonCoverage
• alternativeProbability : isaSpace::BinomialWindowParameters
• attributeList : isaSpace::TokenAttibuteListPair

- b -

• bamFileName : isaSpace::BamAndGffFiles
• bestAlignmentEnd : isaSpace::ReadExonCoverage
• bestAlignmentStart : isaSpace::ReadExonCoverage
• bestExonCoverageScores : isaSpace::ReadExonCoverage
• bicDifferenceThreshold : isaSpace::BinomialWindowParameters

- c -

• chromosomeName : isaSpace::ReadExonCoverage
• cigar : isaSpace::BAMsecondary
• currentProbability : isaSpace::BinomialWindowParameters

- e -

• end : isaSpace::ReadPortion
• exonCoverageScores : isaSpace::ReadExonCoverage

- f -

• fastqFileName : isaSpace::StatsAndFastqFiles
• firstExonLength : isaSpace::ReadExonCoverage
• firstExonStart : isaSpace::ReadExonCoverage
• firstSoftClipLength : isaSpace::ReadExonCoverage

- g -

• geneName : isaSpace::ReadExonCoverage
• gffFileName : isaSpace::BamAndGffFiles

- l -

• lastExonEnd : isaSpace::ReadExonCoverage

- m -

• mapEnd : isaSpace::BAMsecondary
• mapStart : isaSpace::BAMsecondary, isaSpace::MappedReadMatchStatus
• matchStatus : isaSpace::MappedReadMatchStatus

- n -

• nExons : isaSpace::ReadExonCoverage
• nGoodSecondaryAlignments : isaSpace::ReadExonCoverage
• nLocalReversedAlignments : isaSpace::ReadExonCoverage
• nSecondaryAlignments : isaSpace::ReadExonCoverage

- o -

• originalName : isaSpace::ReadPortion

- r -

• readEnd : isaSpace::MappedReadInterval
• readName : isaSpace::ReadExonCoverage
• readStart : isaSpace::MappedReadInterval
• referenceEnd : isaSpace::MappedReadInterval
• referenceStart : isaSpace::MappedReadInterval

- s -

• sameStrandAsPrimary : isaSpace::BAMsecondary
• start : isaSpace::ReadPortion
• statsFileName : isaSpace::StatsAndFastqFiles
• strand : isaSpace::ReadExonCoverage

- t -

• tokenName : isaSpace::TokenAttibuteListPair

- w -

• windowSize : isaSpace::BinomialWindowParameters