Here is a list of all documented class members with links to the class documentation for each member:

- a -

• addRemaps() : isaSpace::BAMfile
• addSecondaryAlignment() : isaSpace::BAMrecord
• alignmentEnd : isaSpace::ReadExonCoverage
• alignmentStart : isaSpace::ReadExonCoverage
• alternativeProbability : isaSpace::BinomialWindowParameters
• at() : isaSpace::ExonGroup
• attributeList : isaSpace::TokenAttibuteListPair

- b -

• BAMfile() : isaSpace::BAMfile
• bamFileName : isaSpace::BamAndGffFiles
• BAMrecord() : isaSpace::BAMrecord
• BAMsafeReader() : isaSpace::BAMsafeReader
• BAMtoGenome() : isaSpace::BAMtoGenome
• bestAlignmentEnd : isaSpace::ReadExonCoverage
• bestAlignmentStart : isaSpace::ReadExonCoverage
• bestExonCoverageScores : isaSpace::ReadExonCoverage
• bicDifferenceThreshold : isaSpace::BinomialWindowParameters

- c -

• chromosomeName : isaSpace::ReadExonCoverage
• cigar : isaSpace::BAMsecondary
• currentProbability : isaSpace::BinomialWindowParameters

- e -

• empty() : isaSpace::ExonGroup
• end : isaSpace::ReadPortion
• exonCoverageScores : isaSpace::ReadExonCoverage
• ExonGroup() : isaSpace::ExonGroup

- f -

• fastqFileName : isaSpace::StatsAndFastqFiles
• firstExonAfter() : isaSpace::ExonGroup
• firstExonLength() : isaSpace::ExonGroup, isaSpace::ReadExonCoverage
• firstExonSpan() : isaSpace::ExonGroup
• firstExonStart : isaSpace::ReadExonCoverage
• firstOverlappingExon() : isaSpace::ExonGroup
• firstSoftClipLength : isaSpace::ReadExonCoverage

- g -

• geneName() : isaSpace::ExonGroup, isaSpace::ReadExonCoverage
• geneSpan() : isaSpace::ExonGroup
• getBestExonCoverageQuality() : isaSpace::ExonGroup
• getBestReferenceMatchStatus() : isaSpace::BAMrecord
• getBICdifference() : isaSpace::ReadMatchWindowBIC
• getCIGARstring() : isaSpace::BAMrecord
• getCIGARvector() : isaSpace::BAMrecord
• getExonCoverageQuality() : isaSpace::ExonGroup
• getFirstCIGAR() : isaSpace::BAMrecord
• getFirstIntronSpan() : isaSpace::ExonGroup
• getHeaderCopy() : isaSpace::BAMsafeReader
• getMapEnd() : isaSpace::BAMrecord
• getMapStart() : isaSpace::BAMrecord
• getmRNAstart() : isaSpace::BAMrecord
• getNextRecord() : isaSpace::BAMsafeReader
• getPoorlyMappedRegions() : isaSpace::BAMrecord
• getPrimaryAlignmentCount() : isaSpace::BAMfile
• getReadCentricMatchStatus() : isaSpace::BAMrecord
• getReadLength() : isaSpace::BAMrecord
• getReadName() : isaSpace::BAMrecord
• getReferenceName() : isaSpace::BAMrecord
• getSequenceAndQuality() : isaSpace::BAMrecord
• gffFileName : isaSpace::BamAndGffFiles

- h -

• hasLocalSecondaryAlignments() : isaSpace::BAMrecord
• hasSecondaryAlignments() : isaSpace::BAMrecord

- i -

• isMapped() : isaSpace::BAMrecord
• isRevComp() : isaSpace::BAMrecord

- l -

• lastExonBefore() : isaSpace::ExonGroup
• lastExonEnd : isaSpace::ReadExonCoverage
• lastOverlappingExon() : isaSpace::ExonGroup
• localReversedSecondaryAlignmentCount() : isaSpace::BAMrecord
• localSecondaryAlignmentCount() : isaSpace::BAMrecord

- m -

• mapEnd : isaSpace::BAMsecondary
• mapStart : isaSpace::BAMsecondary, isaSpace::MappedReadMatchStatus
• matchStatus : isaSpace::MappedReadMatchStatus

- n -

• nChromosomes() : isaSpace::BAMtoGenome
• nExons() : isaSpace::ExonGroup, isaSpace::ReadExonCoverage
• nExonSets() : isaSpace::BAMtoGenome
• nGoodSecondaryAlignments : isaSpace::ReadExonCoverage
• nLocalReversedAlignments : isaSpace::ReadExonCoverage
• nSecondaryAlignments : isaSpace::ReadExonCoverage

- o -

• operator()() : isaSpace::BAMheaderDeleter, isaSpace::BAMrecordDeleter, isaSpace::BGZFhandleDeleter
• operator=() : isaSpace::BAMfile, isaSpace::BAMrecord, isaSpace::BAMsafeReader, isaSpace::BAMtoGenome, isaSpace::ExonGroup, isaSpace::ReadMatchWindowBIC
• originalName : isaSpace::ReadPortion

- r -

• readEnd : isaSpace::MappedReadInterval
• ReadMatchWindowBIC() : isaSpace::ReadMatchWindowBIC
• readName : isaSpace::ReadExonCoverage
• readStart : isaSpace::MappedReadInterval
• referenceEnd : isaSpace::MappedReadInterval
• referenceStart : isaSpace::MappedReadInterval

- s -

• sameStrandAsPrimary : isaSpace::BAMsecondary
• saveReadCoverageStats() : isaSpace::BAMtoGenome
• saveRemappedBAM() : isaSpace::BAMfile
• saveSortedRemappedBAM() : isaSpace::BAMfile
• saveUnmappedRegions() : isaSpace::BAMtoGenome
• secondaryAlignmentCount() : isaSpace::BAMrecord
• start : isaSpace::ReadPortion
• statsFileName : isaSpace::StatsAndFastqFiles
• strand() : isaSpace::ExonGroup, isaSpace::ReadExonCoverage

- t -

• tokenName : isaSpace::TokenAttibuteListPair

- w -

• windowSize : isaSpace::BinomialWindowParameters

- ~ -

• ~BAMfile() : isaSpace::BAMfile
• ~BAMrecord() : isaSpace::BAMrecord
• ~BAMsafeReader() : isaSpace::BAMsafeReader
• ~BAMtoGenome() : isaSpace::BAMtoGenome
• ~ExonGroup() : isaSpace::ExonGroup
• ~ReadMatchWindowBIC() : isaSpace::ReadMatchWindowBIC